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历史变迁
该寺始建于清咸丰元年（1851年），迄今150多年历史，创寺尼师释崇莲曾受清帝咸丰御赐表彰，成为一代名师。慈云寺是万州有名的佛教胜地，有悠久而古老的文化历史，是理想的宗教活动场所和旅游观光休闲地。由于历史原因，加之年久失修，原有大雄宝殿已焚毁，仅存古山门及部分用房，随着党的宗教政策的落实和佛教文化的发扬光大，重建于1989年，现占地面积近十亩，寺庙坐西朝东，南北宽约45米，东西长为90米，北高南低，自然起伏大，高差为30多米,慈云寺，殿宇轩昂、佛像庄严、梵音悠扬、鸟语花香，香火日益旺盛，四面八方的信众、游人接踵而至，络绎不绝。

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建筑结构
寺院主要布置有前后山门、大雄宝殿、圆通宝殿、三圣殿、伽蓝殿、燃灯殿、弥勒殿、韦驮殿等寺庙建筑群。大山门为寺院的主要出口，为二重檐仿古建筑，山门横额书“慈云寺”三个大字，系赵朴初的手笔。大雄宝殿供奉的有：释迦牟尼佛、药师佛、观音菩萨、地藏王菩萨；圆通宝殿正中供奉的是观世音菩萨的金塑法身，天冠中有阿弥陀佛圣像，是人们心目中最具有慈悲心的一种观音圣像，背面供奉的是一尊二十四臂缅甸玉观音，两边供奉的是观音菩萨现身十方诸佛国土度脱重生的三十二应身像；三圣殿供奉的是西方三圣像；伽蓝殿供奉的是伽蓝菩萨；燃灯殿供奉的是燃灯古佛；弥勒殿供奉的是弥勒菩萨；韦驮殿供奉的是韦驮菩萨。另外寺院还新建了素香斋，为广大香客、游人提供素食和休闲之地。

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僧侣清修
寺院现有长住僧人6人，在住持洪圆尼师的带领下，每天朝暮二时，上殿诵经，虔心学习佛经，精进修行，严持戒律，勤学规矩，以身作则，爱国爱教，为佛陀的教育事业，为众善信能更深刻的了解佛法，作出不懈的努力，满足诸善众的需求。今后寺院的规划设想是：改造扩建大雄宝殿和韦驮殿、弥勒殿；新建祖师塔、居士寮、客寮、僧人寮，按照合理布局的统一规划，建成规模壮观的殿堂群落，使佛教文化与现代旅游休闲配套，把万州慈云寺建设成为渝东地区具有特色和与第二大都市配套的佛门胜地，为社会的稳定和经济建设服好务。新建后的慈云寺，将为广大佛教信众提供一个理想的宗教场所，成为陶冶情操、净化心灵的一方净土，人们期待着慈云寺这颗三峡库区的明珠放射出更加璀璨的光芒。